Van 1965 tot 1974 en vervolgens nog eens van 1979 tot 1981 was hij lid van de Knesset, het Israëlische parlement. Hij was een van de eerste politici die contacten aanknoopte en onderhield met de PLO, waardoor hij van oorlogsheld tot publieke vijand nummer één werd uitgeroepen. Tijdens de Israëlische invasie van Libanon in 1982 en de belegering van Beiroet zal hij PLO-leider Yasser Arafat daar voor het eerst ter plaatse ontmoeten. Zijn regelmatige contacten met Arafat en andere PLO-ers worden hem in Israël niet in dank afgenomen. Zijn moeder onterfde hem daarvoor. Tijdens de tweede Intifada trok hij in 2003 naar de Muqata (presidentieel paleis) in Ramallah als ‘menselijk schild’ uit vrees voor plannen om Arafat te vermoorden tijdens de Israëlische belegering. Al van in de jaren zestig ijverden kabinetsleden er voor om hem te laten vervolgen voor ‘hoogverraad’ vanwege zijn banden met ’terroristen’. Vanuit kolonistenkringen kreeg hij openlijke doodsbedreigingen.
Wellicht heeft hij nooit helemaal afscheid genomen van het zionisme. Wel was hij niet te beroerd om zijn eigen politieke activiteiten als radicale zionist te bekritiseren. Hij zei dat zijn stem voor een ‘eengemaakt’ Jeruzalem na de zesdaagse oorlog van 1967, een van zijn grootste politieke fouten was. Hij noemde zichzelf een ‘post-zionist’, maar zeker geen anti-zionist.
Hij heeft ongetwijfeld een belangrijke en unieke voortrekkersrol gespeeld in de Israëlische vredebeweging, maar ook in het bredere politieke landschap van het land. Decennialang heeft hij geijverd voor een Palestijnse staat met Jeruzalem als hoofdstad. Avnery was tot op het eind een heftig criticus van de Israëlische koloniale politiek in de Palestijnse gebieden en haalde scherp uit naar de militaire operaties in Gaza. In april van dit jaar schreef hij nog in Counterpunch: “Schrijf neer, Ik, Uri Avnery, soldaat 44410 van het Israëlische leger, distantieert zich van de scherpschutters van het leger die ongewapende demonstranten langs de Gazastrook vermoorden, en van hun commandanten, die hen daartoe de bevelen geven.” Een veroordeling die evident lijkt, maar in het door extreemrechts gedomineerde Israëlische politieke landschap klinkt zo’n uitspraak bijna controversieel.